Qua lời kể của Hồn Thiêng Sông Núi, bộ phim đi qua nhiều chương của lịch sử: từ khai thiên lập địa, trận Bạch Đằng, Lam Sơn, Bình Ngô và Đống Đa, đến Bến Nhà Rồng, tháng Tám mùa thu, Ba Đình năm 1945 và Việt Nam hôm nay. Mỗi chương mang một sắc độ mực riêng, tạo nên một bức tranh thủy mặc liền mạch về những cuộc kháng chiến giữ nước và khát vọng tự do. Khép lại bằng hình ảnh dòng sông ở lại và cuộc đời mới, bộ phim là một hành trình cảm xúc dành cho những ai muốn nhìn lại lịch sử dân tộc bằng ngôn ngữ hội họa.